هنگام دوره انبار داری به منظور ممانعت از افزایش دمای فضای انبار، خارج کردن رطوبت هوا، دی اکسید کربن و تأمین اکسیژن موردنیاز برای تنفس غده های سیب زمینی ، تهویه هوای انبار الزامی است. تهویه می‌تواند بصورت طبیعی، با باز کردن در و پنجره های انبار و یا به کمک فن انجام شود. غده هایی که در یک توده سیب زمینی انباشته شده اند در اثر تنفس، گرما تولید کرده و دمای غده ها و هوای بین آنها افزایش پیدا می‌کند. این هوای گرم به فضای بالای توده رفته و هوای سرد که سنگین تر از هوای گرم است با آن جایگزین می‌گردد. از آنجایی که در تهویه طبیعی میزان هوایی که می تواند جابجا شود محدود بوده و حداکثر 12 متر مکعب در ساعت به ازای هر تن سیب زمینی است، اثر خنک کنندگی آن آنچنان محسوس نیست. در چنین وضعیتی، دمای بخش بالایی توده بیشتر از بخش پایینی می‌شود. این اختلاف دما تقریبا 2 درجه سانتیگراد به ازای هر متر ارتفاع توده می‌باشد. سیب زمینی را می توان بصورت فله‌ای یا کیسه‌ای انبار کرد. در حالت کیسه‌ای عبور جریان هوا از لابلای کیسه ها آسان‌تر است به شرط آنکه ارتفاع کل کیسه های سیب زمینی از 5/1 تا 2 متر بیشتر نبوده، فاصله بین کیسه ها 10 الی 15 سانتیمتر باشد و کیسه ها بصورت مجزا و یا دوتایی روی هم قرار گیرند. غده ها را می¬توان بر روی یک سطح صاف، سیمانی یا تخته های چوبی صاف و تمیز که در زیر آن لوله و کانال¬های هوا قرار داده شده، تا ارتفاع 3  متر انبار کرد. اگر دمای هوای اطراف غده ها بالاتر از 13 درجه باشد و غده ها تازه برداشت شده اند ارتفاع توده سیب زمینی نباید بیشتر از یک متر باشد. اگر پوشاندن توده برای محافظت از نور، دمای بالا یا پایین ضرورت داشته باشد باید از موادی استفاده کرد که مقاومت ناچیزی در برابر جریان هوا داشته باشند. به عنوان مثال کاه بهتر از علوفه خشک است . پوشاندن قسمت زیرین توده با کاه خیلی بهتر است. این حالت تا اندازه ای امکان تهویه هوا را فراهم می آورد. قرار دادن هواکش روی قسمت بالایی توده، سرعت تهویه هوا را افزایش می دهد. این شیوه اغلب در شرایطی که توده بزرگ باشد به کار می رود. 

هرچه ارتفاع هواکش از سقف بیشتر و ضخامت آن کمتر باشد قدرت مکش و جابجایی هوا در آن بیشتر می شود. وجود پنجره های شرقی- غربی در انبار به جابجایی بیشتر هوا کمک می کند. از آنجا که تهویه طبیعی محدودیت های خود را دارد، تقسیم کردن یک توده به واحدهای کوچکتر ضرورت می‌یابد اما در این شرایط سطح انبار بیشتری مورد نیاز خواهد بود. در تهویه با فن، هوا به‌وسیله یک یا چند فن به حرکت در آمده و از راه کانال‌های موجود در زیر توده به لابلای سیب زمینی‌ها هدایت می شود، به طوری که مقدار یکسانی هوا در کل توده سیب زمینی پخش می‌گردد. در این نوع تهویه میزان گردش هوا بین توده بسیار بیشتر و موثرتر انجام شده و در نتیجه کنترل دما و رطوبت بهتر انجام می‌گردد. با به‌کارگیری یک سیستم تهویه با نیروی محرکه‌ای که به خوبی طراحی شده باشد، می توان اختلاف دما بین سطح فوقانی و زیرین توده سیب زمینی را به حدود 1 تا 1/5 درجه سانتی‌گراد رساند.