بوته‌های گوجه فرنگی برای رشد بهتر نیاز به نگهدارنده یا حائل دارند. آنها را می توان با چوب بامبو، الوار، لوله‌های برق یا آهنی ساخت. حذف برگ‌های اضافی برای پیشگیری از سنگینی بیش از حد نگهدرانده و همچنین سقوط آن در اثر وزش باد شدید، کمک شایانی خواهد نمود. 

در هفته آغازین کاشت نشاء گوجه فرنگی، می بایست هر روز به مقدار 500 سی سی با آب ولرم آبیاری شوند. پس از آن، بوته‌های گوجه فرنگی حدوداً هر 10 روز نیاز به آبیاری دارند. بهترین روش برای آبیاری، قطره‌ای بوده و زمان مناسب برای آن صبح است. این روش و زمان اجرای آن، به این دلیل اهمیت دارد که عدم رعایت در آن باعث افزایش بیماری‌های قارچی و کپک در بوته‌های گوجه فرنگی می‌شود. در فصول گرم باید آبیاری بیشتری انجام شده و  این آبیاری باید به نحوی باشد که خاک زیر بوته‌ها مرطوب باشد. 

بستر خاک اطراف بوته‌ها بهتر است با کاه، پوشال یا علف‌های خشک پوشیده شود. این عمل موجب حفظ رطوبت خاک و ممانعت از رشد علف‌های هرز خواهد شد. 

انتخاب کود مناسب برای بوته‌های گوجه فرنگی از اهمیت بسزایی برخوردار است. در صورتی که خاک بوته‌ها با مواد آلی غنی شده باشد، امکان رشد مناسب آنها فراهم خواهد بود. البته باید توجه داشت که با وجود تاثیر مستقیم کوددهی بیشتر در رشد گوجه فرنگی‌ها، ولی در این صورت آنها نسبت به بیماری‌ها و حشرات نیز حساس‌تر خواهند شد. 

تکان دادن ستون‌ها و قفس‌های ایجاد شده در اطراف بوته‌های گوجه فرنگی در هفته ابتدای گلدهی آنها، موجب افزایش میوه‌دهی و گرده افشانی خواهد شد.

برای داشتن گوجه فرنگی بزرگتر، باید شاخه‌ها و جوانه‌های جانبی که تعداد برگهای بیشتری داشته را هرس کرده تا با این عمل، مواد مغذی را به شاخه‌های اصلی رساند. 

چنانچه بوته‌های گوجه فرنگی در منطقه ای با آب و هوای گرم کشت شوند، بهتر است از بذر گونه‌های مقاوم به گرما استفاده بشود. در غیر این صورت، آنها نیاز مبرم به حفاظت در برابر آفتاب شدید خواهند داشت. بهترین راه حفاظت در برابر مضرات آفتاب، همانطور که در بخش اول همین مقاله نیز اشاره شد، توری سایبان (شید گلخانه) خواهد بود. 

از سویی دیگر بوته‌های گوجه فرنگی نسبت به رطوبت نیز حساس بوده و چنانچه در منطقه ای با رطوبت بالا کشت بشوند باید از بذر گونه‌های مقاوم به رطوبت استفاده کرد. رطوبت بیش از 90 درصد و حتی کمتر از 65 درصد موجب پوسیدگی گلگاه گوجه فرنگی خواهد شد.

گوجه فرنگی به دلیل رنگ قرمز آن، گزینه ای جذاب برای پرندگان است. روش‌های متعددی برای حفاظت در مقابل آسیب پرندگان وجود دارد. استفاده از وسایل گمراه کننده و یا ترساننده از جمله آنهاست. البته باید توجه داشت که روش‌های فوق به طور مقطعی نتیجه می دهند. بهترین روش برای حفاظت از بوته‌های گوجه فرنگی در مقابل آسیب پرندگان، استفاده از توری ضد پرنده است. در مقالات پیشین به بررسی مزایای توری ضد پرنده در قیاس با سایر روش‌های سنتی مبارزه با آسیب پرندگان پرداخته ایم.

برای مبارزه با حلزون‌ها و کرم‌ها می توان با پوشاندن ساقه‌های بوته با مقوا و حوله‌های کاغذی حرکت آنها را متوقف یا از طریق روش‌های سنتی تر نظیر استفاده از اردک و جوجه آنها را از بین برد. 

برای دفع شته و کرم‌هایی که گوجه فرنگی را خورده و به آن آسیب می زنند، می توان علاوه بر استفاده از سموم کشاورزی، روش‌ ارگانیک کاشت گیاهان جذاب برای شکارچیان این گونه آفات(کفشدوزک و ..) نظیر گل جعفری، گل لادن و .. را به کار برد.